Grachi (Isabella Castillo ) es una joven bruja que descubre sus recién descubiertos poderes mágicos, mientras que enfrenta los problemas en su nueva escuela llamada Escolarium, donde tiene que enfrentarse a Matilda (Kimberly Dos Ramos), una bruja mala, para conseguir el amor de Daniel (Andrés Mercado). Ademas de Matilda, Grachi tambien debe enfrentarse a la malvada Directora del Escolarium, la cual planea apoderarse de los poderes de Grachi y Matilda, para convertirse en la bruja mas poderosa, ademas de que tambien desea convertir el Escolarium en un lugar horrible y aburrido, pero para eso primero tiene que conseguir "El conjuro candado" el cual se encuentra en el "Hecsoren" (un libro de hechizos) y Grachi es la unica que puede verlo. Para lograr derrotar a la directora, Grachi tendra el apoyo de su tutora Cussy, mejor amigo Tony (Mauricio Hénao) y su MAPS (Mejor Amiga Por Siempre), Mecha (Sol Rodriguez). Al final de la temporada Grachi une poderes con Matilda para vencer a la directora. Al final la directora queda convertida en perro, y Grachi y Matilda parecen perder sus poderes. Grachi y Daniel terminan juntos.Al final se ve que Grachi logro recuperar sus poderes, ya que hizo frotar una flor e hizo que las paredes del colegio brotaran plantas. Sin embargo, un pie aplasta la flor, de repente aparece una chica, con los ojos naranjas llenos de maldad y odio, que con su presencia hace que de repente se marchiten las plantas que hizo brotar Grachi, ademas de que hizo que rompiera un vidrio. Es Mia, la nueva bruja mala de Escolarium.

En la segunda temporada, un nuevo año escolar comienza para Grachi y sus amigos. Aunque en Ciudad Encantada apenas pasaron un par de meses, en Escolarium muchas cosas cambiaron. Por ejemplo, Francisco es el nuevo Director del colegio a la vez Escolarium tiene nuevos uniformes diseñados por Mecha, Matilda perdió sus poderes en la fiesta de sus 16 y se hizo novia de Diego durante las vacaciones. Úrsula tiene los poderes de Matilda, Grachi y Mecha esperan con emoción que Daniel y Chema vuelvan de su viaje de verano. Grachi tendra que enfrentarse esta vez a Mia (María Gabriela de Faría), una nueva bruja que se enamora de Daniel y hara todo con tal de conseguir su amor. Pero no unicamente eso, tambien tendra que enfrentarse a la malvada Athena, una bruja del consejo de magia muy poderosa, la cual hara lo que sea para acabar con Grachi y conseguir el amor de Francisco, y separar a este de Ursula. Ademas de Mia, otro nuevo chico llega a Escolarium, Leo, (Willy Martin)un joven "cientifico loco" el cual se enamora de Grachi, lo que hace que se convierta en el principal rival de Daniel. A medida que avanza la temporada pasan muchas cosas, tales como que Mecha se convierte en la guardiana de Mia, por lo cual tiene la labor de evitar que Mia haga maldades con su magia. Matilda logra recuperar sus poderes, y con eso promete vengarse de todo aquel que segun ella "le hizo daño" Matilda sigue odiando Grachi y al igual que Mia, tambien tiene deseos de destruirla. Daniel, debido a que no se puede hallar bien con la nueva entrenadora de los tiburones, decide unirse al equipo rival, los delfines, con tal de seguir nadando y compitiendo. Diego (Rafael de la Fuente) va aprendiendo como usar sus poderes de Kanay. Se encuentra con otra Kanay llamada Kim, poco despues de que termino con Matilda, Kim le ofrece a Diego que valla con ella a buscar a los demas Kanays, pero al final lo convence de que su lugar esta en la Ciudad Encantada, y el y Matilda siguen juntos. La relacion de Grachi y Daniel pasa por muchos problemas, todo debido a la falta de confianza que hay por parte de ambos. En fin, esto y mas es por lo que se paso en la segunda temporada de Grachi. Para poder recuperar su amor y ayudar a sus amigos del torbellino de magia que los acecha, Grachi y Daniel tendrán que aprender a confiar uno en el otro. En el último capitulo Matilda, Grachi, Diego, Daniel, Mecha y Chema, se unen para luchar contra Athena, Mia y Leo. Matilda logra encerrar a Athena en una red magica, al final Athena es encerrada en la prision magica. Grachi y Matilda hacen que que Mia pierda la memoria y por lo tanto, ella no se acuerda del hecho de que tiene poderes. Daniel lanza a Leo al agua, y en vista de Leo tiene poderes electricos que el mismo se indujo con uno de sus inventos, parece desintegrarse. Francisco y Ursula por fin se casan. Daniel y Grachi vuelven a estar juntos y prometen que nada los volvera a separar. Sin embargo, esto no ha terminado, ya que, al final, Grachi tuvo un extraño sueño en el cual siente que es perseguida en un bosque. Al final del trayecto del bosque, Grachi se encuentra con un chico llamado "Axel" que al final, se desintegra y se hace cenizas.